在部署二级域名的SSL证书时，首先需要生成CSR（证书签名请求）。

CSR包含了服务器的公钥和相关信息，用于向证书颁发机构（CA）申请SSL证书。

生成CSR后，需要将其提交给CA进行验证和签名。

CA会对域名的所有权进行验证，确保申请者有权使用该域名。

一般情况下，CA会向申请者发送一封验证邮件，要求点击链接或回复邮件进行确认。

一旦CA验证通过，他们将签发SSL证书。

证书文件通常包括公钥、私钥和CA的数字签名。

接下来，将证书文件和私钥文件上传到服务器。

通常，证书文件的扩展名为.crt，私钥文件的扩展名为.key。

确保将私钥文件设置为只有服务器用户可读的权限，以保护私钥的安全性。

最后，配置服务器以使用SSL证书。

具体配置方法取决于服务器软件和操作系统。

一般来说，需要在服务器配置文件中指定证书和私钥的路径，并启用SSL/TLS协议。

完成以上步骤后，服务器就可以使用SSL证书来加密和保护二级域名的通信。

用户访问该二级域名时，浏览器会验证证书的有效性，并与服务器建立安全的加密连接。

这样可以确保用户的数据在传输过程中得到保护，防止被窃取或篡改。